激酶通过催化把ATP的磷酸基转移到底物蛋白质的氨基酸残基（丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸）的过程，是生物体内的普遍调节方式，在信号转导过程中起着重要作用。基于iTraq或SILAC的磷酸化定量组学，不仅适用于激酶底物的筛选，同时也可以应用于各种与磷酸化变化相关的研究：
1. 组织病变过程的磷酸化调控通路
2. 激酶抑制剂的靶点研究
3. 涉及激酶调控的药物作用机理
4. 特定药物的耐药机制